Muzeum v Ústí nad Labem existuje od roku 1876. Do roku 1901 se o něj staral ústecký Průmyslový spolek, poté ho až do roku 1939 spravovala Muzejní společnost. V následujících desetiletích muzeum patřilo do kompetence různých stupňů státní správy nebo samosprávy. Od roku 1986 je muzeum podřízeno politické reprezentaci statutárního města Ústí nad Labem, jehož je příspěvkovou organizací. V současné době jsou jeho muzejní sbírky a knižní fondy majetkem města Ústí nad Labem. Muzeum se ve své prácí řídí zákonnými předpisy pro správu movitého kulturního dědictví, pro péči o sbírky muzejní povahy a pro veřejné knihovny. V současnosti Muzeum města Ústí nad Labem spravuje cca 200 000 evidenčních čísel muzejních sbírkových předmětů a jejich souborů. Obhospodařuje cca 60 000 knižních jednotek v odborné muzejní knihovně, která má na starost také cca 2000 svazků starých tisků a rukopisů.
Jak počtem, tak kvalitou sbírek patří Muzeum města Ústí nad Labem k nejvýznamnějším regionálním muzejním institucím v České republice. Sbírkové předměty muzea jsou průběžně veřejnosti představovány jako součást výstav či expozic a rovněž slouží k badatelské činnosti.